民國初年，燕子門第十二代掌門人李耀被叛徒出賣，落入宛城巡防長官虞大壽(計春華 飾)之手，虞大壽為防李耀逃跑遂將其大筋挑斷。

街頭鬧市，說書藝人"鐵嘴霸王(張勇 飾)"正慷慨激昂地講述大名鼎鼎的江湖好漢燕子李三的傳奇故事，聽眾中，一個衣衫襤褸的小男孩聽得格外出神。不料，書場被虞大壽帶兵查封，小男孩奮起反抗卻被虞大壽打翻在地。

燕子李三行刑這一天，沿途擠滿了送行群眾。李耀師弟 李顯(六小齡童 飾)帶著眾徒弟混雜在群眾中伺機而動。這時，小男孩捧著饅頭沖到囚車旁給老燕子李三(何家勁 飾)送行。虞 大壽見又是小男孩來搗亂不由大怒，鞭打小男孩，現(xiàn)場陷入混亂之中。李顯見狀趁機動手，將囚車劫走。逃亡中李耀不幸中槍，死于非命。

李顯徒弟 李云飛(陳龍 飾)和 李云馨(李彩樺 飾)撤退時，被小男孩緊隨至客棧，小男孩兒自述對燕子李三的崇敬，向李顯磕頭拜師。李顯因無法考察其來歷，在小男孩磕頭之際帶著云飛云馨悄然離去。

李顯得知李耀所攜掌門信物"燕子金鏢"被虞大壽高懸于城門之上，以誘捕燕子門師徒。明知是圈套，李顯卻仍要將掌門信物奪回。他自己引開埋伏的部 隊，派云飛和云馨去拿"燕子金鏢"，不料虞大壽早有準備，云飛和云馨陷入困境。關鍵時刻，小男孩挺身而出，協(xié)助云飛拿到了"燕子金鏢"。

小男孩再次拜師，向李顯講述了他的凄苦身世，原來虞大壽與他有殺親之仇，他為報仇一心想拜在燕子門下。李顯感嘆小男孩的膽識，一摸骨相，發(fā)現(xiàn)是塊練輕功的好材料，遂在客棧將其收入門下，為他取名" 李云龍(劉峰超 飾)"。

為了引開虞大壽派來的追兵，李顯與眾江湖人士進行了一場殊死搏斗，不幸在打斗中身負重傷，危難中被日本醫(yī)生五咸(魏大鳴 飾)長滿所救。李顯傷愈后應允為五咸辦三件事以報答其救命之恩，并留下三枚黑色燕子標志作為憑證。

一晃數(shù)年，燕子門第十三代弟子李云飛、李云馨、李云龍都已長大成人，新一代燕子三杰重出江湖。